A világhaború idején, a 40-es évek

Miközben folyt a világháború, folyt a francia bajnokság is. Ekkor a csapat visszatért a régi stadionjába, a Stade de l’Huveune-ba. Az 1939-40-es évben a Marseille a 2. helyet szerzi meg a dél-keleti csoportban. Ekkor a bajnokság különböző csoportokban foly 45-ig. A Coupe de France-ban sikerült a második helyet megszerezni, mivel a döntőben a Racing Club de Paris-tól 2-1-re kikaptak. A 42-43-as év volt a rekordév, mikor a csapat 100 gól tudott rúgni 30 meccsen. Ekkor volt a híres Avignoni 20-2 meccs. Ez évben Aznar 56 gólt rúgott 38 meccsen. Ebben az évben megszületett a csapat 6. Coupe de France sikere is, mikor a Bordeaux csapatát 6-2-es összesítéssel küldte haza.  1948-ban ismét francia bajnok lett a Marseille, (1 ponttal előzte meg a Lille OSC-t). Ez több mérkőzésnek volt köszönhető.